Самый надежный способ восстановить iTunes - перешить флекс. Если устанавливать отдельно-слишком геморно. Я как-то случайно с карты памяти удалил папочку iTunes, а потом парился восстановить. При запуске высвечивалось что-то типа "ошибка приложения и спрашивает удалить его или нет".
А вобще надо перебдевать и делать полный дамп тела.